①使用發票不同。小規模納稅人銷售只能使用普通發票,不能使用增值稅專用發票，購買貨物與一般納稅人相同，可以收普通發票也能收增值稅專用發票，二者收取增值稅專用發票后帳務處理不同.一般納稅人按價款部分入成本,稅款部分入"應交稅金--應交增值稅--進項稅額"帳戶;小規模納稅人則按全額進入成本.
②應交稅金的計算方法不同。一般納稅人按"抵扣制"計算稅金,即按銷項減進項后的余額交稅.小規模納稅人按銷售收入除于（1+適用稅率）后的金額再乘稅率計算應交稅金，工業6％，商業4％。
③稅率不同，一般納稅人分為0稅率、13%稅率、17%稅率。小規模納稅人，3%；
1）一般納稅人：銷售貨物或提供應稅勞務可以開具增值稅專用發票；購進貨物或應稅勞務可以作為當期進項稅抵扣；計算方法為銷項減進項。
2）小規模：只能使用普通發票；購進貨物或應稅勞務即使取得了增值稅專用發票也不能抵扣；計算方法為銷售額×征收率。